Os inimigos não são simplesmente uma raça alienígena, são várias, agindo em conjunto para obliterar a resistência humana. Seus métodos são inescrutáveis mas podemos estudar seu modo de agir. No começo da invasão as raças mais frágeis fisicamente, Sectoides e Flutuadores são encontradas com maior frequencia. A medida que a operação de resistência do X-COM tem mais sucessos, são trazidos os soldados...